メイソンジャー保存瓶の蓋は、スクリュータイプの金属製の蓋が一般的です。蓋には、蓋の外側と瓶口の内側に密封リングが付いており、蓋を締めることで密閉されます。密封リングは、ゴム製のものが多く使用されています。
また、最近ではプラスチック製の蓋も販売されており、環境にやさしいとして人気があります。さらに、スプレーができるスプレーノズルが付いた蓋も販売されており、調味料やオイルの使用に便利なタイプもあります。